中国是农业大国，也是化肥生产和使用大国。据养分资源高效开发与综合利用国家重点实验室主任陈清介绍，国内每年化肥流失造成的损失高达1000亿元，残留于农田的化肥致使土壤板结变硬、有机物弱化、微量元素失衡、作物病虫害等问题日趋严重，致使我国农业环境遭受着外源性污染和内源性污染的双重压力。而我国化肥企业也面临着创新能力不足的问题，尤其是高效复合肥料的研制与应用落后，已经不能适应我国农业产业结构调整的要求。
中国化肥行业发展面临着六大困境
一、产能严重过剩，新增产能持续增加；
二、基础肥料品种发展不平衡，盈利能力差, 竞争激烈；
三、产品同质化严重、产需不相符；
四、产品利用率低，投入高、有污染；
五、肥料产业优惠将逐步取消，同样监管力度将减弱，农产品价格低迷导致肥料行业市场低迷；
六、化肥“减施增效”“有机肥替代”政策催生肥料市场新的布局。
行业艰难前行，竞争日趋激烈。化肥行业还面临着区域竞争、成本竞争、产品及企业的品牌竞争、资本竞争、销售模式竞争、技术和人才资源竞争六大竞争。
对于整个化肥行业来说，2016年盈利情况都不佳，相比前几年出现大幅下滑。氮肥和磷肥是下滑最明显的两个行业。
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