一：抗性：草甘膦使用方便、效果明显、价格低廉，但长期使用也会产生抗性。目前已发现对草甘膦具抗性的杂草35种。此为其他转基因作物除草剂及一些选择性除草剂提供了机会。

二：资源：草甘膦的主要资源为磷。这是一种非再生资源。据估计，中国的高品位磷资源按现在用量最多只能保证未来20年用量。在世界上人们从磷资源考虑，积极开发一些非磷的除草剂来替代含磷非选择性除草剂用于转基因作物上。

三：品种：草铵膦、草硫膦、溴苯腈等非选择性除草剂是众所周知的草甘膦的竞争又是补充的品种，这些除草剂也有它们的转基因作物。其中草铵膦至今未发生抗性。以上品种将对草甘膦形成一定威胁，也是发展趋势。为此，一些公司在开发抗草甘膦作物的同时，也积极开发其他作用模式的抗除草剂作物，并使用多元化方法控制杂草，此也是今后发展方向。