为实现环保执法与司法顺畅联动，必须构建一套健全的程序衔接机制和与之配套的保障制度。
一是进一步完善行政执法与刑事司法无缝衔接机制。严格落实违法犯罪线索移送制度，杜绝“以罚代刑”。进一步明确检察机关监督移送涉嫌环境污染犯罪案件的方式，强化追究相关人员的法律责任。
二是进一步完善环保行政执法与行政审判良性互动机制。发挥司法保障功能，对合法、合理的环保行政处罚、行政强制，做到当判则判;对环境保护非诉行政执行案件，符合执行条件的及时予以强制执行;对不及时制止可能会造成重大环境污染后果或者社会公众合法环境权益遭受严重侵害的案件，可以根据环保机关的申请，及时发出禁止令，防止污染损害进一步扩大。通过审理环保行政案件，监督环保机关依法履行法定职责。
三是进一步完善环保公益诉讼保障机制。有意识地培育环保公益社会组织，依法支持他们对严重损害公共利益的环境污染行为提起环保公益诉讼。探索设立环保公益基金，将公益诉讼中民事赔偿和刑事案件中的罚金纳入公共性环保专用基金。
四是积极构建环境保护恢复性司法机制。人民法院在审理环境保护案件中，对于污染和破坏环境行为，可以根据案情合理判定被告承担停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复或者修复环境、赔偿损失等责任，使已经造成的环境污染尽快消除。五是进一步完善环保机关与司法机关人才资源共享机制。探索建立环保机关与人民法院交叉挂职制度，以利于迅速提升执法、司法人员业务水平。探索设立环境保护专家库，为解决环境保护问题、促进依法行政、扩大司法民主提供人才支撑和智力支持。完善诉调对接和综合调处机制，最大限度发挥人民法院与环保等部门的优势，共同化解矛盾纠纷。在保密和安全的前提下，实现环境行政执法和司法信息资源共享。